Direktur Politeknik Pelayaran Barombong berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Kepala Badan Pengembangan SDM Perhubungan. Dalam menjalankan tugas, Direktur dibantu oleh 3 (tiga) Wakil Direktur. Wakil Direktur Bidang Akademik yang selanjutnya disebut Wakil Direktur I merupakan Dosen yang diberi tugas tambahan membantu Direktur dalam memimpin pelaksanaan kegiatan pendidikan, Penelitian, dan Pengabdian kepada Masyarakat, serta pemanfaatan prasarana dan sarana.

Wakil Direktur Bidang Keuangan dan Umum, yang selanjutnya disebut Wakil Direktur II merupakan Dosen yang diberi tugas tambahan membantu Direktur dalam memimpin pelaksanaan kegiatan di bidang keuangan, kepegawaian, dan umum, serta pengembangan usaha dan kerja sama; dan Wakil Direktur Bidang Ketarunaan dan Alumni, yang selanjutnya disebut Wakil Direktur III merupakan Dosen yang diberi tugas tambahan membantu Direktur dalam memimpin pelaksanaan kegiatan pembinaan administrasi ketarunaan dan alumni, pembangunan karakter, serta kesehatan dan kesejahteraan Taruna.

Bagan organisasi dan tata kerja Poltekpel Barombong berdasarkan Peraturan Menteri Perhubungan RI Nomor PM 112 Tahun 2021 tentang Organisasi dan Tata Kerja Politeknik Pelayaran Barombong.